Pemerintahan di Indonesia terdiri dari tiga cabang yaitu eksekutif, legislatif, dan yudikatif. Namun dalam pengertian yang lebih sempit, pemerintahan di Indonesia terdiri dari Presiden, kabinet, dan bawahannya termasuk pemerintah daerah. Indonesia merupakan negara republik dengan sistem presidensil. Sebagai negara kesatuan, kekuatan terkonsentrasi pada pemerintah pusat. Setelah lengsernya Presiden Soeharto pada tahun 1998, struktur politik dan pemerintahan di Indonesia mengalami reformasi. Terjadi empat amandemen pada Undang-Undang Negara Republik Indonesia tahun 1945 telah merubah sistem pada eksekutif, legislatif, dan yudikatif.
1. Presiden Republik Indonesia (Eksekutif)
Presiden Indonesia yaitu kepala negara, kepala pemerintahan, komando tertinggi Tentara Nasional Indonesia, dan pengarah pemerintahan daerah, pembuatan peraturan, dan korelasi internasional. Pemilihan presiden 2004 merupakan pemilihan presiden dan wakil presiden pertama. Seorang presiden hanya sanggup menjabat dua kali selama masing-masing lima tahun.
2. Legislatif di Indonesia
Badan perwakilan tertinggi pada tingkat nasional yaitu Majelis Permusyawaratan Rakyat atau MPR. Fungsi utama MPR yaitu mendukung dan mengamandemen konstitusi, melantik Presiden, dan menyusun Garis Besar Haluan Negara (GBHN). MPR mempunyai kekuatan untuk mendakwa Presiden. MPR terdiri dari dua dewan yakni Dewan Perwakilan Rakyat (DPR) dengan 560 anggota dan Dewan Perwakilan Daerah (DPD) dengan 132 anggota. dewan perwakilan rakyat bertugas melaksanakan legislasi dan mengawasi eksekutif. dewan perwakilan rakyat terdiri dari anggota partai yang terpilih untuk menjabat selama lima tahun. Sejak reformasi 1998, kiprah dewan perwakilan rakyat dalam pemerintahan nasional meningkat. DPD menjadi ruang gres dalam pengendalian daerah.
3. Yudikatif di Indonesia
Kebanyakan perselisihan antar sipil diselesaikan di Pengadilan Negeri, lalu di Pengadilan Tinggi. Mahkamah Agung yaitu pengadilan tertinggi negara, dan mengadili masalah akhir. Pengadilan lainnya termasuk Pengadilan Niaga yang menyatakan keadaan gulung tikar suatu perusahaan, Pengadilan Tata Usaha Negara yang mengadili masalah manajemen atas pemerintah, dan Mahkamah Konstitusi yang mengadili legalitas hukum, pemilihan umum, pembubaran partai, dan yang meliputi otoritas institusi negara, dan Pengadilan Agama yang mengadili aturan yang berkaitan dengan agama dan pernikahan/perceraian.
4. Politik di Indonesia
Sejak tahun 1999 Indonesia menganut sistem multi partai. Dalam dua pemilihan legislatif semenjak runtuhnya rezim Orde Baru, tidak ada partai yang memenangi lebih banyak didominasi kursi. Hal itu menghasilkan pemerintahan koalisi.
5. Hubungan Internasional di Indonesia
Berbeda dengan pemerintahan Soekarno yang anti imperialistik terhadap kekuatan Barat dan meningkatnya tensi dengan Malaysia, korelasi internasional Indonesia semenjak Orde Baru lebih menurut kepada kolaborasi ekonomi dan politik dengan dunia Barat. Indonesia menjalin korelasi bersahabat dengan tetangganya di Asia, dan menjadi anggota pendiri ASEAN dan KTT Asia Timur. Indonesia berhasil memperbaiki korelasi dengan Republik Rakyat Tiongkok pada tahun 1990 sehabis membekunya korelasi jawaban pencucian komunisme di awal periode Soeharto.
Indonesia menjadi anggota Perserikatan Bangsa-Bangsa semenjak 1950, dan menjadi pendiri Gerakan Non-Blok. Indonesia ikut menandatangani persetujuan Perdagangan Bebas ASEAN dan Organisasi Perdagangan Dunia, serta menjadi anggota OPEC. Indonesia mendapatkan tunjangan kemanusiaan dan pengembangan semenjak 1966, kebanyakan dari Amerika Serikat, Eropa barat, Australia, dan Jepang.
Pemerintahan Indonesia bekerja sama dengan negara lain untuk menangkap dan mengadili pelaku pemboman besar yang terkait dengan militan Islam dan Al-Qaeda. Pemboman paling mematikan yang membunuh 202 orang (termasuk 164 wisatawan internasional) terjadi di Kuta, Bali pada tahun 2002. Serangan tersebut menjadikan negara lain mengeluarkan travel warning dan merusak sektor pariwisata dan prospek investasi negara.
6. Militer di Indonesia
Tentara Nasional Indonesia (TNI) termasuk Tentara Nasional Indonesia Angkatan Darat (TNI-AD), Tentara Nasional Indonesia Angkatan Laut (TNI-AL), dan Tentara Nasional Indonesia Angkatan Udara (TNI-AU). Indonesia mempunyai sekitar 400.000 personel militer. Anggaran pertahanan dalam APBN sekitar 4% dari PDB pada tahun 2006. Salah satu reformasi tahun 1998 yaitu menghilangkan keterlibatan Tentara Nasional Indonesia dalam parlemen. Tanpa itu, imbas politik Tentara Nasional Indonesia sangat tinggi.
Gerakan separatis di provinsi Aceh dan Papua telah bermetamorfosis konflik militer, dan diikuti dengan tuduhan pelanggaran Hak Asasi Manusia. Diikuti dengan perang gerilya selama 30 tahun antara Gerakan Aceh Merdeka (GAM) dan militer Indonesia, perjanjian gencatan senjata dicapai pada tahun 2005. Di Papua, telah diterapkan aturan otonomi daerah, dan terjadi penurunan tingkat perusuhan dan pelanggaran HAM.
7. Pembagian Administratif di Indonesia
Secara administratif, Indonesia terdiri dari 34 provinsi, lima diantaranya mempunyai keistimewaan. Masing-masing provinsi mempunyai legislatif dan pemerintahan sendiri. Setiap provinsi dibagi atas beberapa kabupaten dan kota, yang lalu dibagi menjadi kecamatan (dan distrik di Papua dan Papua Barat), dan dibagi lagi menjadi kelurahan/desa/kampung/nagari (di Sumatra Barat)/gampong (di Aceh). Desa merupakan tingkat manajemen pemerintahan paling bawah di Indonesia. Lebih jauh, desa dibagi menjadi beberapa rukun warga (RW)/banjar (di Bali) yang sanggup dibagi menjadi dusun, dukuh, atau rukun tetangga (RT). Sejak implementasi otonomi daerah semenjak 2001, kabupaten dan kota menjadi unit administratif utama. Tingkat administratif tingkat desa memengaruhi kehidupan sehari-hari warga dan dikepalai oleh lurah atau kepala desa.
Provinsi Aceh, Jakarta, Yogyakarta, Papua, dan Papua Barat mempunyai hak legislatif yang lebih besar dan tingkat otonomi yang lebih besar dari pemerintah pusat dibandingkan dengan provinsi lain. Pemerintah Aceh, mempunyai hak untuk menciptakan aturan sendiri yang menurut aturan Islam. Yogyakarta meraih status Daerah spesial alasannya yaitu mempunyai kiprah penting dalam kemerdekaan Indonesia dan keputusannya untuk bergabung dengan Indonesia sebagai sebuah republik. Papua juga mendapatkan otonomi khusus pada tahun 2001 dan lalu terbagi menjadi Papua dan Papua Barat pada Februari 2003. Jakarta yaitu daerah khusus ibukota negara.
Berikut yaitu daftar provinsi di Indonesia beserta ibukotanya, dikategorikan berdasasrkan daerah pulaunya. Provinsi bertanda bintang (*) mengambarkan status istimewa:
Sumatra
- Nanggroe Aceh Darussalam* – Banda Aceh
- Sumatera Utara – Medan
- Sumatera Barat – Padang
- Riau – Pekanbaru
- Kepulauan Riau – Tanjung Pinang
- Jambi – Jamb
- Sumatera Selatan – Palembang
- Kepulauan Bangka-Belitung – Pangkal Pinang
- Bengkulu – Kota Bengkulu
- Lampung – Bandar Lampung
Jawa
- Daerah Khusus Ibukota Jakarta* – Jakarta
- Banten – Serang
- Jawa Barat – Bandung
- Jawa Tengah – Semarang
- Daerah spesial Yogyakarta* – Yogyakarta
- Jawa Timur – Surabaya
Kepulauan Sunda Kecil
- Bali – Denpasar
- Nusa Tenggara Barat – Mataram
- Nusa Tenggara Timur – Kupang
Kalimantan
- Kalimantan Barat – Pontianak
- Kalimantan Tengah – Palangkaraya
- Kalimantan Selatan – Banjarmasin
- Kalimantan Timur – Samarinda
- Kalimantan Utara – Tanjung Selor
Sulawesi
- Sulawesi Utara – Manado
- Gorontalo – Kota Gorontalo
- Sulawesi Tengah – Palu
- Sulawesi Barat – Mamuju
- Sulawesi Tenggara – Kendari
Kepulauan Maluku
- Maluku – Ambon
- Maluku Utara – Sofifi
Papua
- Papua Barat* – Manokwari
- Papua* – Jayapura